Es una metodología que permite detectar de manera simultánea múltiples características físicas de células individuales a una alta velocidad.

Células en suspensión que fluyen en una sola fila a través de una zona iluminada por un láser. En este punto, las células dispersan la luz y emiten fluorescencia que es recolectada y transformada en valores digitales almacenados en una computadora.

La luz dispersada da información de las caracteristicas de tamaño y granularidad, mienrras que al incidir el láser sobre la células marcadas excita distintos fluorocromos y emiten fluorescencia con longitudes de onda que serán detectadas por fotodetectores.

Entre las aplicaciones de la Citometría de Flujo se incluyen: 

• Identificación de marcadores celulares con anticuerpos.
• Fenotipificación por antígenos de superficie.
• Detección intracelular de iones o moléculas.
• Estudios de activación de células: monitoreo de concentraciones intracelulares de Ca2+ y otros iones, activación de factores de transcripción, fosforilación de proteínas, etc.
• Citometría de bacterias.
• Análisis de DNA: ciclo celular, tamaño del genoma y aneuploidías.
• Estudios de inducción de apoptosis. Proliferación celular mediante marcaje con CFSE.
• Expresión génica.
• Separación (sorting) para: estudios funcionales en subpoblaciones definidas, cultivo de células transfectadas, clonación de células y enriquecimiento celular.